Общегеномное исследование ассоциации идентифицирует множественные локусы риска для почечно-клеточного рака

  1. Информированное согласие и одобрение исследования Каждое участвующее исследование получало информированное...
  2. Оценка контроля качества
  3. статистический анализ
  4. Анализ наследственности
  5. Репликация генотипирования и анализа
  6. Оценка полигенного риска и анализ дополнительных фенотипов ПКР
  7. Техническая проверка вмененных SNP
  8. Данные по экспрессии генов и анализ eQTL
  9. Доступность данных

Информированное согласие и одобрение исследования

Каждое участвующее исследование получало информированное согласие от участников исследования и одобрение его Институционального контрольного совета (для сканирования и тиражирования IARC: Комитет по этике IARC; для сканирования и тиражирования MDA: Институциональный контрольный совет Онкологического центра имени Андерсона Университета Техаса; для Сканирование в Великобритании: Royal Marsden NHS Trust, комитет по этике, для сканирования NCI: Комиссия по институциональной проверке специальных исследований NCI, Комиссия по институциональной проверке Вандербильта, Комиссия по институциональной проверке Университета Эмори, Комиссия по институциональной проверке Дана-Фарбер / Онкологический центр Гарварда, Комиссия по институциональной проверке Гарвардской школы общественного здравоохранения им. Т.Х. Чана, Институциональный контрольный совет Бригама и женской больницы, Институциональный ревизионный совет им. Ван Андела, Институциональный ревизионный совет Spectrum Health и Институциональный ревизионный совет Фреда Хатчинсона, для репликации Майо: клиника Мейо доска обзоров.

Генотипирование SNP по всему геному

Генотипирование SNP по всему геному для двух новых сканирований координировалось Национальным институтом рака (NCI-2; NCI, Бетесда, Мэриленд, США) и Международным агентством по исследованию рака (IARC-2; IARC, Лион, Франция). Образцы NCI-2, полученные из 13 исследований, проведенных в США и Финляндии ( Дополнительная таблица 1 ), были генотипированы в Исследовательской лаборатории геномики рака NCI (CGR, Отдел эпидемиологии и генетики рака, Национальный институт рака, Бетесда, штат Мэриленд, США) с использованием массива Illumina OmniExpress. Сканирование NCI-2 включало контроли, ранее генотипированные Illumina OmniExpress или Omni 2.5Marray из некоторых участвующих исследований (ATBC, CPSII, HPFS, NHS, PLCO и WHI; Дополнительная таблица 1 ). Образцы МАИР-2, полученные из шести исследований, проведенных в Европе и Австралии ( Дополнительная таблица 1 ), были генотипированы в Центре National de Genotypage, Комиссариате по альтернативным источникам и альтернативным источникам энергии (CNG, CEA, Evry и Paris) с использованием массивов Illumina Omni 5 M. Также были включены дополнительные контроли ( N = 447) из одного исследования (IARC K2), которые были генотипированы на массиве OmniExpress в Центре исследований наследственных заболеваний Джона Хопкинса.

Оценка контроля качества

Сообщалось об исключениях из контроля качества для четырех ранее опубликованных сканирований. 9 , 10 , 11 , Для двух новых сканирований контроль качества проводился отдельно в каждом учреждении с использованием сопоставимых исключений.

Для нового сканирования IARC-2 всего 5424 образца были генотипированы на чипе Illumina Omni5. Образцы были исключены последовательно на основе следующих критериев: коэффициент гетерозиготности ( n = 14, 0,3%), родство ( n = 7, 0,1%), происхождение без CEU ( n = 37, 0,7%), расхождение по полу ( n = 20 0,4%), вероятность успеха генотипирования <95% ( n = 14, 0,3%) и неожиданные дубликаты ( n = 22, 0,4%). После добавления 447 ранее отсканированных контролей (массив OmniExpress) из исследования IARC K2, используя вышеперечисленные критерии, мы исключили 22 образца (4,9%) и, из-за неожиданных дубликатов или связи первой степени между двумя скансами, еще 11 (2,5%) образцов из этого сканирования и три образца из сканирования Omni5. Из сканирования Omni5 были получены генотипы для 4 276 196 SNP, из которых мы исключили 127 523 SNP из-за низкого (<95%) уровня успешности, 14 513 SNP для отклонения от неравновесия Харди-Вайнберга (HWE) ( P <10-7) в контроле 65,300 с неоднозначными проблемами нитей и 37,319 неуассомных SNP. Окончательный набор аналитических данных Omni5 включал 4 031 541 SNP для 2781 случая и 2526 контролей. По тем же критериям 951 117 SNP, полученных из массива OmniExpress, были удалены из 16 409, 1132, 24 370 и 20 715 SNP, соответственно, в результате чего окончательный набор данных составил 888 491 SNP на 414 контролях. Вменение генотипов было выполнено на этих наборах данных после исключения 2485,185 SNP из Omni5 и 742 SNP из сканирования OmniExpress, когда малая частота аллелей (MAF) была <0,05.

Для нового сканирования NCI-2 в общей сложности 3168 образцов были первоначально генотипированы массивом OmniExpress. Всего было исключено 22 775 (3%) SNP с частотой звонков <90%, а также 282 выборки (9%) с частотой завершения <94%. После этого исключения уровень согласованности составил> 99,9% для 66 пар слепых дублирующих пар. После удаления дубликатов был расширен набор данных, включающий 2820 уникальных образцов, для дальнейшей оценки контроля качества на уровне объекта. Кроме того, мы исключили 10 лиц с диссонансом по половому признаку и двух лиц с чрезмерно низкой средней гетерозиготностью по SNP ChrX. Для очищенных данных, включая генотипы для 2808 особей, мы затем объединили в общей сложности 4221 предварительно отсканированных контролей (массив HumanOmni2.5M или HumanOmniExpress) из исследований ATBC, CPSII, HPFS, NHS, PLCO и WHI ( Дополнительная таблица 1 ). После объединения недавно отсканированных данных с ранее отсканированными контролями мы получили генотипы для 7029 человек. Впоследствии мы исключили данные по 204 лицам, не входящим в CEU (доля примесей для CEU <80%), оба члена пары неожиданных двойных выборок в рамках исследования, по одной из каждой из восьми неожиданных двойных пар перекрестного исследования и по одной от каждой из восьми родственных пар (две пары родитель-ребенок и шесть пар братьев и сестер). Окончательные аналитические данные включали 6808 особей (2417 случаев, 4391 контроль) для 678,580 локусов.

статистический анализ

Статистический анализ включал сводные данные четырех ранее опубликованных сканирований, проведенных в NCI (NCI-1). 9 МАИР (МАИР-1) 9 , Техасский университет, онкологический центр имени Андерсона (MDA) 10 и Институт исследований рака, Великобритания (Великобритания) 11 , а также два новых сканирования от NCI (NCI-2) и IARC (IARC-2). Данные IARC-1 и IARC-2 были объединены, что привело к пяти отдельным наборам данных на этапе обнаружения. Импутация выполнялась отдельно для каждого набора данных сканирования с использованием SNP с малой частотой аллеля ≥0,01 (≥0,05 для набора данных IARC), при этом в качестве эталонного набора использовались данные проекта 1000 геномов (фаза 1, выпуск 3). IMPUTE2 версии 2.2.2 использовался для вменения наборов данных NCI-1, NCI-2, MDA и UK, в то время как Minimac версии 3 использовался для набора данных IARC 42 , 43 , Вмененные SNP с достаточной точностью, оцененной как r 2≥0,3 для IMPUTE2 и Minimac, были сохранены для анализа. Кроме того, мы оценили качество вменения путем случайного отбора 10% генотипированных SNP на хромосоме 1 в серии IARC-1 (в которой использовались наименее плотные чипы для разных сканирований) и их удаления перед запуском алгоритма вменения. MAF, рассчитанные по данным генотипирования, коррелировали с r 2> 0,99 с MAF, рассчитанными по данным вмененной дозировки. Наконец, главные SNP были технически подтверждены с помощью генотипирования Taqman при сканировании IARC и NCI-2 ( Дополнительная таблица 4 ). После вменения генотипы для 7 437 091 SNP были доступны для анализа.

Ассоциативное тестирование с RCC проводилось отдельно для каждого набора данных с учетом логарифмических (трендовых) эффектов SNP с использованием SNPTEST версии 2.2 в NCI и R версии 3.2.3 в IARC. Ковариаты модели варьируются в зависимости от набора данных; для предыдущих сканов мы использовали те же самые ковариаты, что и в первоначально опубликованных анализах. Ковариаты были следующими: пол и исследование для NCI-1 (нет статистически значимых собственных векторов, присутствующих в нулевой модели); пол и четыре значимых собственных вектора для NCI-2; возраст, пол и два значимых собственных вектора для MDA; нет ковариат для Великобритании; и пол, учеба и 19 значимых собственных векторов для IARC-1 и IARC-2. Собственные векторы считались значимыми, если P < 0,05 по статистике Трейси-Видома. В серии IARC все 19 собственных векторов были в значительной степени связаны со страной набора. Мы дополнительно провели анализы, ограниченные ccRCC. Результаты ассоциации SNP из каждого набора данных были объединены с помощью мета-анализа с использованием модели с фиксированными эффектами. Гетерогенность генетических эффектов по наборам данных оценивалась с использованием статистики I 2 и Кохрана.

Анализ наследственности

Мы оценили наследуемость GWAS, h l2, используя программное обеспечение GCTA 44 , 45 и данные сканирования NCI-1 и NCI-2. Анализы предполагали распространенность заболевания 1,66%, включали только SNP с MAF> 0,05, исключали субъектов, у которых отсутствовало более 5% генотипов, с поправкой на пол, субсубъекты и 20 лучших собственных векторов. В дополнение к шагам контроля качества, предпринятым для первоначального GWAS, мы удалили SNP с отсутствующим коэффициентом> 10% или значением HWE P <10-5 в контрольной группе в любом исследовании. Чтобы оценить наследуемость, относящуюся к необнаруженным локусам, мы идентифицировали 21 SNP, которые были связаны с раком почки ( P < 5,0 × 10-8), и удалили все SNP в пределах 250 kb этих локусов перед вычислением матрицы генетических отношений. После исключения субъектов в анализ наследуемости были включены данные от 3 609 случаев и 7 524 контролей. Семейный относительный риск оценивался установленными методами 46 ,

Репликация генотипирования и анализа

После фильтрации предыдущих SNP, идентифицированных GWAS, мы выбрали для репликации 32 SNP со значениями ассоциации P <5.0 × 10-7. Отдельный набор из 3182 случаев и 6,301 контроля европейского происхождения был генотипирован в трех учреждениях (IARC: 1674 случая и 4222 контроля; клиника Майо: 909 случаев и 1479 контролей; MDA: 599 случаев и 600 контролей) для репликации. Генотипирование в IARC и MDA проводили с помощью анализа Taqman (Applied Biosystems, CA, США), в то время как образцы в клинике Mayo генотипировали с использованием комбинации MassARRAY (Agena Bioscience, Inc., CA, USA) и анализа Taqman. Ассоциации с каждым SNP (для каждого незначительного аллеля / тенденции) были рассчитаны индивидуально для каждого учреждения (IARC: с учетом пола и учебы; клиника Майо: возраст и пол; MDA: возраст и пол) и объединены с результатами этапа обнаружения с помощью фиксированных -эффекты мета-анализа.

Оценка полигенного риска и анализ дополнительных фенотипов ПКР

PRS был рассчитан для 13 SNP, по одному из каждого из шести ранее идентифицированных локусов и семи вновь идентифицированных локусов риска RCC (rs7105934, rs4765623, rs718314, rs11894252, rs12105918, rs6470588, rs4381241, rs67311347, rs10936160464641604) для получения дополнительной информации, rs109641604642641 и 0083 по тел. , следующее:

, следующее:

где PRS i - показатель риска для индивидуума i , x ij - количество аллелей риска для j- го варианта, а w j - вес [ln (OR)] для j- го варианта. Связи с PRS и отдельными SNP, выбранными для репликации, были рассчитаны для следующих фенотипов RCC: гистологии RCC папиллярных и хромофобных клеток (с помощью анализа случай-контроль); возраст в начале (<60 против 60+ лет на момент постановки диагноза; анализ только для случая) и стадия (2, 3 и 4 против 1; анализ только для случая). Стадийно-стратифицированный анализ был ограничен наборами данных МАИР, для которых эти данные были доступны.

Техническая проверка вмененных SNP

Чтобы технически подтвердить наши результаты вменения, мы генотипировали 32 SNP, перенесенные для репликации с помощью анализа Такмана, в подмножестве образцов из сканов NCI-2 и IARC-1/2 ( n = 566 и 6,402 соответственно). Соответствия между вмененным и непосредственно проанализированным генотипами подробно описаны в Дополнительная таблица 4 ,

Данные по экспрессии генов и анализ eQTL

KIRC: данные генотипирования и RNAseq для образцов KGA KIRC (481 опухоль и 71 нормальная почечная ткань) были загружены из базы данных Atlas Genome Atlas (http://cancergenome.nih.gov/, доступ к которой был 15 января 2016 года). Мы количественно выразили выражение как нормализованное число считываний и удалили выборочные выбросы со значениями выражения, превышающими в 1,5 раза межквартильный диапазон. Тесты линейного тренда были использованы для проверки аллель-специфического увеличения экспрессии генов для генов в пределах окна 6 Мб. Анализы были выполнены с использованием R v3.1.

IARC: для подмножества случаев из исследований IARC K2 и CE ( Дополнительная таблица 1 ), анализ экспрессии генов образцов нормальной почечной и опухолевой ткани проводили с использованием BeadChips экспрессии Illumina HumanHT-12 v4 (Illumina, Inc., Сан-Диего) для образцов с целостностью РНК (RIN)> 5,0. Необработанные интенсивности экспрессии образцов с отношением сигнал / шум> 9,5 были обработаны с помощью стабилизирующего дисперсию преобразования и нормировки квантилей с пакетом lumi 47 как сообщают Возняк и соавт . 21 , 50-мерные последовательности зондов были сопоставлены с эталонным геномом человека hg19, загруженным из базы данных UCSC Genome Browser (http://genome.ucsc.edu/, доступ к которому был получен 15 ноября 2014 года) с использованием BWA. 48 разграничить позиционные отношения между соответствующими зондами / генами и SNP. В общей сложности 234 образца нормальной и 555 образцов опухолевой ткани из подтвержденных случаев RCC в чистых клетках с имеющимися данными генотипирования были использованы для тестирования аллель-специфического увеличения экспрессии генов для генов в пределах окна 6 Мб в предположении линейного тренда. Анализы были выполнены с использованием R v3.1.3.

Доступность данных

Сканирование IARC-2 получило сертификацию Учредительного совета, разрешающую совместное использование данных в соответствии с политикой NIH США по обмену данными, полученными в GWAS, поддерживаемом или проводимом NIH. Данные доступны по dbGaP (название исследования: «Общий анализ генома риска рака почки (KIDRISK)»; url: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs001271.v1.p1 ). Точно так же сканирование NCI-1 доступно на dbGaP (phs000351.v1.p1). Данные от сканирования IARC-1 и MDA доступны от Пола Бреннана и Xifeng Wu, соответственно, по обоснованному запросу. Данные сканирования Великобритании будут доступны в европейской базе данных архива генома-фенома (номер доступа: EGAS00001002336). Сканирование NCI-2 будет опубликовано на dbGaP.

Данные TCGA были доступны по следующему адресу: https://gdc-portal.nci.nih.gov/projects/TCGA-KIRC ,

Похожие

JBL Reflect Fit: спортивные наушники с функцией контроля сердечного ритма
... анализировать данные измерений вашего пульса прямо на вашем телефоне и слушать текущую информацию в режиме реального времени через наушники одним нажатием кнопки.
Huawei P20 Pro - первый смартфон с тройной камерой
Huawei снова является предшественником в области систем мобильной визуализации. Два года назад он первым подарил смартфон с двойной камерой. Теперь это смущает конкуренцию с 3 модулями, которые могут сделать его лучшим фотографическим смартфоном на рынке. Вы все еще поражены возможностями двойной камеры в вашем последнем смартфоне? Это прошлое! Huawei P20 Pro может похвастаться до 3-мя модулями камеры. Хотя это звучит и выглядит немного забавно, такая система может
Alcatel Onetouch Pixi 3
Оборудование / Лист данных экран 4 дюйма 4: 3, 800 x 480 пикселей, отражающий: да сравнить Alcatel Onetouch Pixi 3 Рейтинг: 80% - хорошо Средняя оценка по 1 отзывам (из 2 отзывов) Цена: 80%, Мощность: 80%, Особенности: -%, Экран: -% Мобильность: -%, Корпус: -%, Эргономика:
Хранение грудного молока
Хранение грудного молока иногда необходимо, когда вам приходится расставаться с ребенком в течение более длительного периода. Как правильно хранить продукты в холодильнике или морозильнике? Хранение грудного молока Хранение грудного молока требует небольшой подготовки. Прежде всего, конечно, вам необходимо приобрести молокоотсос и сумки или контейнеры для хранения продуктов. Первый одноразовый, второй вы можете использовать несколько раз. Если ребенку меньше 6 месяцев, не
Руководство по эксплуатации myPhone 1065 Spectrum
... использует куки для предоставления услуг на самом высоком уровне. Дальнейшее использование сайта означает, что вы соглашаетесь с их использованием. Закрыть Узнать больше https://www.instrukcjaobslugipdf.pl/privacy-policy Справа вы найдете руководство
Прежде чем купить ... внешние диски
Вы не можете расстаться со своей камерой и камерой, и ваша голова полна идей для новых реализаций. Каждый день вы создаете новые образы, которые составляют ваш субъективный образ мира. Творческое действие все еще продвигается вперед, поощряя организовывать новые сессии. Внезапно реальность немного сбивает с толку, потому что растущий объем данных очень быстро заполняет диск компьютера, и все время нависает над вами призрак потери данных в случае аппаратного сбоя. Вам не нужно ограничивать
9,7 "iPad Wi-Fi | 32 ГБ | Space Grey (2018)
Описание Каждое устройство Apple, приобретенное у Harvey Norman, теперь поставляется с 2-летней гарантией в стандартной комплектации. Harvey Norman является авторизованным поставщиком услуг Apple , поэтому, когда вы покупаете у нас, мы продлим вашу стандартную гарантию на дополнительный год совершенно бесплатно. См. Полный T & C в
Автомобильный регистратор MIO MiVue 792 WIFI Pro
Это самая продвинутая наша модель камеры к машине. Благодаря исключительно четкому и четкому изображению, улучшенному качеству записи в ночное время и большому углу обзора, вы можете идеально запечатлеть все, что происходит в дороге. Использование первоклассного
... оценка TDS конечными пользователями с ограниченными возможностями не только в контролируемой лабораторной среде, но также...
... оценка TDS конечными пользователями с ограниченными возможностями не только в контролируемой лабораторной среде, но также и в реальных жизненных ситуациях, от дома до работы и на открытом воздухе, входит в число наших будущих направлений исследований. Подтверждения Resrach частично поддержан грантом Национального института биомедицинских изображений и биоинженерии 1RC1EB010915 и наградами Национального научного фонда CBET-0828882 и IIS-0803184. Рекомендации
Разъемы для проектора
... имере проектора мы хотели бы показать вам важность и функционирование разъемов, необходимых для подключения проектора к источнику. В зависимости от модели эти разъемы могут меняться. Мы также ответим на вопрос, какой разъем нужен для конкретного разрешения. Таким образом, перед покупкой проектора вы будете знать, какие разъемы требуют внимания, чтобы вы могли в полной мере насладиться великолепными проекциями. Аналоговое видео Аналоговые видео и компьютерные интерфейсы использовались
Cgi?
Вы все еще поражены возможностями двойной камеры в вашем последнем смартфоне?
Как правильно хранить продукты в холодильнике или морозильнике?